16 Ιανουαρίου 1992: το Ειδικό Δικαστήριο αθωώνει τον πρώην πρωθυπουργό Ανδρέα Παπανδρέου από τις κατηγορίες, που σχετίζονται με τον σκάνδαλο Κοσκωτά. καταδικάζονται ο Δημήτρης Τσοβόλας σε φυλάκιση 2,5 ετών και ο Γιώργος Πέτσος σε φυλάκιση 12 μηνών.

Δέκα μήνες μετά την έναρξη της δίκης,  το Ειδικό Δικαστήριο ύστερα από διάσκεψη περίπου 15 ωρών εκδίδει την απόφασή του για το Σκάνδαλο Κοσκωτά. Η απόφαση για τους τρεις εναπομείναντες κατηγορούμενους:
Ανδρέας Παπανδρέου (πρώην Πρωθυπουργός):

• Για ηθική αυτουργία σε απιστία κατ' εξακολούθηση σε βαθμό κακουργήματος (για τις καταθέσεις των ΔΕΚΟ στην Τράπεζα Κρήτης και τη ρύθμιση των χρεών του επιχειρηματία Σωκράτη Καλκάνη): Αθώος με ψήφους 7 υπέρ και 6 κατά.
• Για παθητική δωροδοκία σε βαθμό κακουργήματος: Αθώος με ψήφους 10 προς 3
• Για αποδοχή προϊόντων εγκλήματος από ιδιοτέλεια σε βαθμό κακουργήματος: Αθώος με ψήφους 8 προς 5

Δημήτρης Τσοβόλας (πρώην Υπουργός Οικονομικών):

• Για απιστία περί την υπηρεσία και για παράβαση του νόμου περί ευθύνης υπουργών (για τη ρύθμιση των χρεών των Γιώργου Κοσκωτά και Σωκράτη Καλκάνη): Ένοχος. Ποινή: Φυλάκιση 2 1/2 ετών (εξαγοράσιμη προς 1.000 δραχμές τη μέρα) και τριετής στέρηση των πολιτικών του δικαιωμάτων.

Γιώργος Πέτσος (πρώην Υφυπουργός Βιομηχανίας, Έρευνας και Τεχνολογίας):

• Για παράβαση του νόμου περί ευθύνης υπουργών (για παράνομη έκδοση άδειας για την ανέγερση κτηρίων της «Γραμμής Α.Ε.» του Γιώργου Κοσκωτά στην Παλλήνη): Ένοχος. Ποινή: Φυλάκιση 10 μηνών με διετή αναστολή και διετής στέρηση των πολιτικών του δικαιωμάτων.
• Για ηθική αυτουργία σε απιστία κατ' εξακολούθηση σε βαθμό κακουργήματος (για τις καταθέσεις των ΕΛΤΑ στην Τράπεζα Κρήτης): Αθώος
• Για παθητική δωροδοκία σε βαθμό κακουργήματος: Αθώος λόγω αμφιβολιών

Ο Δημήτρης Τσοβόλας εξαγόρασε την ποινή του (κατέθεσε μέσω του συνηγόρου του το ποσό του 1.524.450 δραχμών), ενώ παράλληλα λόγω της στέρησης των πολιτικών του δικαιωμάτων εξέπεσε του βουλευτικού του αξιώματος. Και οι 19 επιλαχόντες του ψηφοδελτίου αρνήθηκαν να τον αντικαταστήσουν (απόφαση του ΠΑΣΟΚ), με αποτέλεσμα να διεξαχθεί επαναληπτική ψηφοφορία στην εκλογική περιφέρεια της Β' Αθήνας (5 Απριλίου 1992) και την έδρα κατέκτησε ο Γεώργιος - Αλέξανδρος Μαγκάκης.

Το σκεπτικό της αθώωσης Ανδρέα Παπανδρέου
Για την κατηγορία της ηθικής αυτουργίας σε απιστία κατ' εξακολούθηση σε βαθμό κακουργήματος, ο Ανδρέας Παπανδρέου αθωώθηκε με την οριακή πλειοψηφία των 7–6 ψήφων. Επιγραμματικά, το σκεπτικό της απόφασης του Ειδικού Δικαστηρίου για την συγκεκριμένη κατηγορία, συνοψίζεται στα ακόλουθα:

• Το σκεπτικό όσων ψήφισαν αθώωση

(...) Το δικαστήριο δεν πείσθηκε ότι ο κατηγορούμενος αυτός προκάλεσε με οποιονδήποτε τρόπο την απόφαση των διοικητών των ΔΕΚΟ να τελέσουν τις εν λόγω πράξεις οι οποίες τους αποδίδονται, αλλά και ούτε συνήργησε με οποιονδήποτε τρόπο στις πράξεις αυτές. (...) Εξάλλου οι εκδότες που κατέθεσαν αόριστα ότι ο Ανδρέας Παπανδρέου υπέχει και ποινικές ευθύνες, απάντησαν σε σχετικές ερωτήσεις που τους υποβλήθηκαν ότι δεν έχουν συγκεκριμένα στοιχεία από τα οποία να προκύπτει ότι ο παραπάνω κατηγορούμενος είχε δώσει εντολές σε διοικητές δημοσίων επιχειρήσεων να καταθέσουν τα διαθέσιμα κεφάλαια αυτών στην Τράπεζα Κρήτης. Πέραν όμως αυτών, από κανένα αποδεικτικό στοιχείο δεν προέκυψε ότι ο πρώην πρωθυπουργός είχε γνώση των υπεξαιρέσεων που διέπραττε ο Γεώργιος Κοσκωτάς κατά το κρίσιμο χρονικό διάστημα, από 19 Ιανουαρίου 1988 έως 19 Οκτωβρίου 1988, όταν υπεξαιρούσε τις καταθέσεις στην Τράπεζα Κρήτης (...)

• Το σκεπτικό όσων ψήφισαν ενοχή

(...) Ο πρώτος των κατηγορουμένων ως πρωθυπουργός της Ελλάδας και κατά το από 11 Ιουνίου 1987 έως 19 Οκτωβρίου 1988 κρίσιμο χρονικό διάστημα, είχε την αυτονόητη υποχρέωση και πρώτιστο καθήκον κατά τις διατάξεις του Συντάγματος και του νόμου να κατευθύνει τις ενέργειες της κυβέρνησης, να συντονίζει την κυβερνητική πολιτική σε όλους τους τομείς και να εποπτεύει για την εφαρμογή των νόμων προς το συμφέρον του κράτους και των πολιτών. Είχε ακόμη τη δυνατότητα ως πολιτικός προϊστάμενος της ΕΥΠ να πληροφορηθεί αμέσως το ποιόν και τη δράση του Γεωργίου Κοσκωτά. Γιατί δεν είναι νοητό ένας πρωθυπουργός της ευφυίας του πρώτου να μην θέλησε να πληροφορηθεί ποιος είναι ο Γεώργιος Κοσκωτάς, όταν ο Τύπος και όλοι οι Έλληνες διερωτώντο πώς ένας τόσο νέος είχε τη δυνατότητα να αγοράζει μία Τράπεζα και να δημιουργεί συνεχώς νέες επιχειρήσεις, αλλά και να στέλνεται με κυβερνητική εισήγηση στις ΗΠΑ προκειμένου να συναντηθεί με τον Πρόεδρο και άλλους αξιωματούχους των ΗΠΑ. (...)

Ο Γεώργιος Κοσκωτάς όμως παρ' όλα αυτά, απολάμβανε της πλήρους υποστήριξης και κάλυψης της πολιτικής εξουσίας. Είχε τη δυνατότητα να προσφωνεί και να προσφωνείται από τον πρωθυπουργό της χώρας του με δηλωτικές οικειότητας φράσεις, είχε τη δυνατότητα να βλέπει τον πρωθυπουργό κατ' ιδίαν στην οικία του σε μια εποχή που η ελληνική κοινωνία είχε αρχίσει να πείθεται για τη δράση του. Και ακόμα, να έχει την προστασία του, όπως προκύπτει από το γεγονός ότι η πρωθυπουργική γραμματεύς παρενέβη υπέρ αυτού κατ' εντολή του Ανδρέα Παπανδρέου και υποχρέωσε τον υφυπουργό Γεώργιο Πέτσο να δεχτεί τον Κοσκωτά και να τον εξυπηρετήσει (...)

Δηλώσεις μετά τη δίκη
Μετά την έκδοση της απόφασης του Ειδικού Δικαστηρίου, έγιναν επιγραμματικά οι ακόλουθες δηλώσεις:

• Κωνσταντίνος Μητσοτάκης (Πρωθυπουργός): «Κανένα σχόλιο δεν κάνει η κυβέρνηση για τη δίκη. Η δικαιοσύνη απεφάνθη, το θέμα έληξε».
• Ανδρέας Παπανδρέου (αθωωθείς πρώην Πρωθυπουργός και αρχηγός της Αξιωματικής Αντιπολίτευσης): «Στόχος τους ήταν η δική μου πολιτική και ηθική εξόντωση, η διάλυση του ΠΑΣΟΚ και ο κατακερματισμός της μεγάλης δημοκρατικής παράταξης. Απέτυχαν οικτρά με τη δεκάμηνη δημόσια διαδικασία. Η αλήθεια εκδικήθηκε τους σκευωρούς».
• Μαρία Δαμανάκη (Πρόεδρος του Συνασπισμού, από τον οποίο είχε ήδη αποχωρήσει το ΚΚΕ): «Ο Συνασπισμός θα ήθελε μία άλλη απόφαση. Θα ήμασταν ευτυχέστεροι αν υπήρχε μία άλλη απόφαση σε σχέση με την περίπτωση του Δημήτρη Τσοβόλα».
• Δημήτρης Τσοβόλας (καταδικασθείς πρώην Υπουργός Οικονομικών): «Θέτω στον αρμόδιο εισαγγελέα και τις αρχές τον εαυτό μου στη διάθεσή τους, για να εκτελέσουν αυτή την αλλοπρόσαλλη και προσβλητική για το κοινοβούλιο και τους δημοκρατικούς θεσμούς απόφαση της πλειοψηφίας του Ειδικού Δικαστηρίου».